曹慧芬

-学历学位

生物信息学博士




-研究方向

(1)高精度的DNA损伤方法的开发以及其在哺育动物衰老、癌症等疾病中的应用研究,是目前的核心研究方向;

(2)利用生物信息学方法研究lncRNA分子功能。

-教育背景

2011/09-2016/12,北京师范大学,生命科学学院,博士 (导师林魁教授)

2007/08-2011/06,兰州大学, 数学与统计学院,学士

-工作经历

2017年1月-至今,87978797威尼斯老品牌,讲师(硕士生导师)

-科研项目

主持:

1. 国家青年科学基金项目,32000476,拓扑异构酶抑制剂诱导的癌细胞DNA断裂介导基因表达调控机理的研究,2020-2023,24万元,在研,主持

2. 87978797威尼斯老品牌中青年项目,ZQN-922,人类基因组中与年龄相关的DNA损伤特征研究,2021-2025,40万元,在研,主持

3. 厦门市青年创新项目,3502Z20206015,拓扑异构酶抑制剂诱导人类癌细胞DNA断裂介导基因表达调控机制的研究,2020-2023,15万,在研,主持

4. 福建省面上项目,2018J01050,极长非编码RNA的功能注释平台的构建,2018-2021,4万,结项,主持

参与:

5. 国家自然科学基金面上项目, 32170619, 衰老相关的人和小鼠全基因组核苷酸水平SSB和AP损伤机理研究——基于DNA损伤检测SSiNGLe方法的拓展和应用,2022-2025,58万元, 在研,排名第二

6. 福建省重点项目,2020J02006,参与抗癌药物作用及耐药性的vlincRNA调控网络研究,40万元,在研,参与

7. 国家自然科学基金面上项目,31770882,基于核酶剪切产物的特异性应用Helicos DRS测序技术发现新核酶的研究,2018-2021,58万元,结项,排名第二

8. 国家自然科学基金面上项目,31171235,整合RNA-Seq分析的植物基因组注释系统研究--以黄瓜属近缘基因组进化分析为例,2011-2016,60万元,结项,参与

-论文成果

已发表SCI论文13篇(总影响因子超过100),专著1篇,专利2项第一、共同第一作者或共同通讯作者发表论文8篇,包含3篇CNS子刊、2篇SCI一区top、1篇SCI二区top和2篇SCI三区文章*为共同第一作者*通讯作者

1. Cai Y, Cao H*, Wang F, Zhang Y, Kapranov P* (2022) Complex genomic patterns of abasic sites in mammalian DNA revealed by a high-resolution SSiNGLe-AP method. Nature Communications 13: 5868 (共同通讯,Nature子刊,IF 17,期刊生物方法学领域亮点文章)

2. Cao H#, Salazar-Garcia L#, Gao F, Wahlestedt T, Wu CL, Han X, Cai Y, Xu D, Wang F, Tang L, Ricciardi N, Cai D, Wang H, Chin MPS, Timmons JA, Wahlestedt C*, Kapranov P* (2019) Novel approach reveals genomic landscapes of single-strand DNA breaks with nucleotide resolution in human cells. Nature Communications 10: 5799 (Nature子刊,IF 17,期刊当月亮点文章、仅一周时间就跻身生命科学领域2019年热文榜五十佳)

3. Cao H, Wahlestedt C*, Kapranov P* (2018) Strategies to Annotate and Characterize Long Noncoding RNAs: Advantages and Pitfalls. Trends in Genetics 34: 704-721 (Cell子刊,IF 11)

4. Liu X#, Liu Y#, Huang P#, Ma Y#, Qing Z#, Tang Q#, Cao H#, Cheng P, Zheng Y, Yuan Z, Zhou Y, Liu J, Tang Z, Zhuo Y, Zhang Y, Yu L, Huang J, Yang P, Peng Q, Zhang J*, Huang S*. (2017) The Genome of Medicinal Plant Macleaya cordata Provides New Insights into Benzylisoquinoline Alkaloids Metabolism. Molecular Plant 10: 975-989 (共同一作,SCI 一区top,IF 24首个罂粟科植物基因组,该工作受到邓兴旺院士的高度评价)

5. Cao H, Xu D, Cai Y, Han X, Tang L, Gao F, Qi Y, Cai D, Wang H, Ri M, Antonets D, Vyatkin Y, Chen Y, You X, Wang F, Nicolas E, Kapranov P* (2021) Very long intergenic non-coding (vlinc) RNAs directly regulate multiple genes in cis and trans. BMC Biology 19: 108 (SCI 一区top,IF 7.4)

6. Cao H, Kapranov P* (2022) Methods to Analyze the Non-Coding RNA Interactome-Recent Advances and Challenges. Frontiers in Genetics 13: 857759 (SCI三区, IF 4)

7. Cao H, Zhang Y, Cai Y, Tang L, Gao F, Xu D, Kapranov P* (2022) Hotspots of single-strand DNA "breakome" are enriched at transcriptional start sites of genes. Frontiers in Molecular Biosciences 9: 895795 (SCI三区, IF 6)

8. Cao H, Pang E, Lin K* (2016) Hierarchical Map of Orthologous Genomic Regions Reconstructed from Two Closely Related Genomes: Cucumber Case Study. The Plant Genome 9(3) (SCI二区top, IF 4)

9. Chen Y#, Qi F#*, Gao F, Cao H, Xu D, Salehi-Ashtiani K, Kapranov P* (2021) Hovlinc is a recently evolved class of ribozyme found in human lncRNA. Nature Chemical Biology 17: 601-607 (Nature子刊,IF 17)

10. Lai Y, Yeung CK, Omland K, Pang E, Hao Y, Liao B, Cao H, Zhang B, Yeh C, Hung C, Hung H, Yang M, Liang W, Hsu Y, Yao C, Dong L, Lin K, Li S (2019) Standing genetic variation as the predominant source for adaptation of a songbird. Proc Natl Acad Sci USA 116: 2152-2157 (PNAS, SCI 一区top,IF 12)

11. Lin K, Limpens E, Zhang Z, Ivanov S, Saunders DG, Mu D, Pang E, Cao H, Cha H, Lin T, Zhou Q, Shang Y, Li Y, Sharma T, van Velzen R, de Ruijter N, Aanen DK, Win J, Kamoun S, Bisseling T et al. (2014) Single nucleus genome sequencing reveals high similarity among nuclei of an endomycorrhizal fungus. PLoS Genetics 10: e1004078 (SCI 二区top,IF 6)

12. Xu D, Cai Y, Tang L, Han X, Gao F, Cao H, Qi F, Kapranov P (2020) A CRISPR/Cas13-based approach demonstrates biological relevance of vlinc class of long non-coding RNAs in anticancer drug response. Scientific Reports 10: 1794 (SCI 三区, IF 5)

13. Huang BH, Pang E, Chen YW, Cao H, Ruan Y, Liao PC (2015) Positive selection and functional divergence of R2R3-MYB paralogous genes expressed in inflorescence buds of Scutellaria species (Labiatae). International Journal of Molecular Sciences 16: 5900-5921 (SCI 二区top,IF 6)

-专著和专利

1. Pang, E, Cao, H, Zhang, B, Lin K, 2015, Crop Genome Annotation: The Brassica rapa Genome. In Wang, XiaoWu; Kole, Chittaranjan. The Brassica rapa Genome,Springer, New York. p. 53–63.

2. 一种检测全基因组的单链DNA损伤的方法,CN201810561048.8,中国(排名第二)。

3. 一种检测DNA中单链断裂的方法,CN201910837092.1,中国(排名第二)。

-教学经验

本科教学:生物统计学(连续6年教学经验)

生物信息学(连续3年教学经验)、

流行病学与循证医学(连续2年教学经验)

研究生教学:生物信息学编程基础(连续2年教学经验)

-获奖情况

87978797威尼斯老品牌2022年青年教师精彩一堂课三等奖

87978797威尼斯老品牌2019-2020学年优秀考核奖

87978797威尼斯老品牌2020-2021学年优秀考核奖

87978797威尼斯老品牌2022年青年教授精彩一堂课一等奖

87978797威尼斯老品牌2020年青年教授精彩一堂课二等奖

87978797威尼斯老品牌2019年青年教授精彩一堂课二等奖

福建省首届研究生建模比赛(2022年)优秀奖(指导老师)

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